長崎南山認定こども園では、子どもたちひとりひとりが心身ともにすこやかに成長しバランスのとれた円満な人格をはぐくむように援助します。
「心をはぐくむ。知恵をみがく。体をきたえる。」を当園の教育方針とします。
長崎南山第二学園の設立母体は、力トリック宣教修道会である神言修道会です。
長崎南山認定こども園は「幼保連携型」の認定こども園です。
保育室は全て南向きで、1階に遊戯室、2階に図書コーナーがあります。